感染幽門螺桿菌後少有自發清除, 因此慢性胃炎常長期持續存在, 但多數患者無症狀。 少部分慢性淺性胃炎可發展為慢性多灶萎縮性胃炎, 後者常合併腸化生。 極少數慢性多灶萎縮性胃炎經長期演變可發展為胃癌, 流行病學研究顯示, 慢性多灶萎縮性胃炎患者發生胃癌的危險明顯高於普通人群。
由幽門螺桿菌感染引起的胃炎約15%~20%會發生消化性潰瘍, 以胃竇炎症為主者易發生十二指腸潰瘍, 而多灶萎縮者易發生胃潰瘍, 前者極少發生胃癌, 而後者發展為胃癌的危險性增加。 幽門螺桿菌感染引起的慢性胃炎還偶見發生胃粘膜相關淋巴組織淋巴瘤者。