許多血液系統疾病的臨床表現和外周血液表現與再生障礙性貧血相似， 在診斷時需要對與再生障礙性貧血相似的疾病進行鑒別， 在除外了其他疾病引起的血細胞減少後才能作出再生障礙性貧血的診斷。
先天性骨髓造血衰竭是一組少見的家族遺傳性疾病， 臨床特點表現為先天性軀體畸形、骨髓造血衰竭、腫瘤高發， 外周血檢查及骨髓檢查可以發現外周血全血細胞減少、骨髓造血細胞增生減低。 獲得性再生障礙性貧血患者與先天性骨髓造血衰竭表現相似， 特別是出生或幼年時即發病的患者，
通過仔細地進行病史詢問、體格檢查和實驗室檢查， 再生障礙性貧血不難與先天性骨髓造血衰竭進行鑒別。 先天性骨髓造血衰竭且伴有軀體發育畸形的患者不容易漏診， 但仍有部分先天性骨髓造血衰竭患者無軀體畸形， 容易漏診和誤診。 獲得性再障與先天性造血衰竭預後、治療策略和治療方均不同， 二者的鑒別有時卻異常困難。 因此所有年輕成人和兒童再生障礙性貧血患者都需要常規進行遺傳性檢查， 以除外先天性骨髓造血衰竭。
