預防兒童孤獨症要從妊娠期開始， 因為妊娠和圍產期諸多因素造成的大腦損傷與兒童孤獨症的發病密切相關。 預防重點是加強圍產期衛生保健， 積極進行優生優育工作。 妊娠期病毒感染、先兆流產、出生時窒息和剖宮產都會對幼兒產生影響， 母親妊娠期病毒感染尤其是孕期前3個月病毒感染可導致胎兒大腦發育異常而致兒童孤獨症。 如風疹病毒、單純皰疹病毒、流感病毒、巨細胞病毒等均可損害患兒中樞神經而致病。 所以孕婦在懷孕期間尤其是懷孕初期要注意不要感染病毒。 在分娩時如遇難產時，
嬰兒應盡可能用母乳餵養， 因為母乳中含有豐富的鹼性礦物質， 有益於孩子智力的發展。 較大的兒童應少吃糖， 多吃蔬菜、水果、雜糧等“鹼性食物”。 注意膳食的“酸堿平衡”， 有益於機體內PH值的相對穩定， 使各種代謝功能協調， 進而使身心保持良好的健康狀態。
防治兒童孤獨症要採取綜合性措施， 要讓孩子多參加各種鍛煉， 多參與集體活動。 切勿讓孩子長期過“封閉式”的生活， 以免形成孤僻性格而殃及孩子終生。 一旦發現孩子出現類似兒童孤獨症的表現， 應及時請教醫生， 妥善施治， 並進行有關誘導訓練。
在瞭解孩子有這方面的傾向時， 家長越早發現， 越早對其進行治療， 效果就會越好。 因為這些孩子若沒有及時地接受特殊的教育訓練， 他們將成為終身殘障。 若他們能得到合理的教育和訓練， 絕大部分兒童會有不同程度的改善， 一部分孩子可能基本具備自主生活、學習和工作的能力。
