除牙周炎外， 刷牙不當不正確的方法不但不能保護還會破壞牙齒及牙周組織， 如過硬的牙刷、牙膏中摩擦劑顆粒過粗及拉鋸式刷牙， 都可能導致牙齦退縮。 不良修復體做得不好的假牙不易清潔， 會導致牙周衛生不良， 也會使牙齦萎縮。 還有各種原因所致的過度咬合力， 也會使牙異常移動， 而使牙齦退縮。
按照病因分類如下：
1、機械性牙齦萎縮
主要是由於牙刷不符合標準， 刷牙方法不正確（如橫刷法）， 不良修復體等機械摩擦或壓迫牙齦， 造成牙齦和牙槽骨退縮。 多發生於一組牙或個別牙。
2、炎症性牙齦萎縮
這種萎縮最常見， 主要是因為牙周炎導致牙周組織遭到破壞， 牙槽骨吸收以後， 附著在牙槽骨上的牙齦也就隨著向牙根方向萎縮， 只發生于有牙周炎的患者。
3、廢用性牙齦萎縮
主要由於牙齒沒有了咀嚼功能， 牙周組織缺乏必要的功能刺激， 長期處於廢用狀態， 可使牙齦， 牙槽骨吸收。 此種牙齦萎縮就如同一個人長期臥床， 不進行行走活動， 肌肉就會發生萎縮， 這是相同的道理。
4、早老性牙齦萎縮
和老年性牙齦萎縮一樣， 但多發生於較年輕的青年人。 也就是說年輕人出現老年人牙齦萎縮的表現， 所以稱為早老性牙齦萎縮。 據最新的一項調查發現， 年輕人過早的出現牙齦萎縮， 認為是由於飲食或生活環境污染因素影響而導致牙齦萎縮（食物中含的激素、添加劑等）和藥物導致導致牙齦萎縮。
5、老年性牙齦萎縮
只發生于老人， 是由於年齡增長發生的。 是一種生理現象， 是人類隨著年齡增長， 各個器官功能減退在牙的表現。 此種萎縮是大部分或全口牙齒的牙齦和牙槽骨發生萎縮。
不論是上述哪種原因引起的牙齦萎縮， 究其根源， 本質上都是由於長期缺乏維生素C而導致牙齦營養不良， 免疫機能低下， 從而呈現出來的萎縮退化。 牙齦萎縮一旦發生， 較難使牙齦和牙槽骨再生而恢復原有的高度。
