根據果園地理環境套栽 乾旱地區果園只適合套栽耐旱藥材, 如柴胡、黃芩、黃芪、知母等, 或不耐寒的藥材, 如元胡、附子、北沙參等;山區則應選擇套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、麥冬、三七、西洋參等。
根據果樹的物候期套栽 棗樹、柿樹等發芽較遲果樹, 可套栽喜光但有夏眠習性的藥材, 如貝母、元胡等;對桃、杏 、櫻桃、枇杷等成熟期在最熱季節到來之前已結束的果園, 可套栽喜熱、怕踐踏的菌類藥材, 如茯苓、天麻、豬苓等, 還可利用此階段樹冠的保濕、遮陰作用種植木耳和銀耳。
根據樹齡套栽 幼齡果園因尚未封行,
根據樹冠情況套栽 樹冠及樹葉較稠密的果樹, 如桃、櫻桃、杏、萄葡、柿子等, 可套栽半夏、天麻、靈芝、黃連等喜陰濕環境的藥材;樹冠較稀疏的果樹, 如蘋果、梨、山楂等可套栽丹參、百合、天冬等稍耐陰濕的藥材。