雷公藤有顯著的抗炎、鎮痛、免疫抑制等作用， 對治療類風濕關節炎具有一定療效， 但亦有不良反應。 雷公藤的毒副作用大小與用藥劑量有關， 通常用藥量越大， 毒副作用就越明顯。
1、消化系統不良反應：雷公藤導致消化系統不良反應發生頻率最高， 在正常劑量範圍內就可發生。 主要表現為厭食、噁心、嘔吐、腹脹、腹瀉等症狀， 有時可出現消化道出血。 飯後服藥或同時服用保護胃黏膜的藥物， 可減輕這些症狀。
2、皮膚黏膜不良反應：雷公藤引起皮膚黏膜不良反應較多， 表現為皮膚瘙癢、發紅、糜爛、潰瘍、水腫、斑丘疹、蕁麻疹、藥疹、結節性紅斑、口腔黏膜皰疹、色素沉著、脫髮、變應性血管炎等。
3、血液系統不良反應：雷公藤對骨髓有抑制作用， 可引起白細胞減少、紅細胞減少、血小板減少及全血細胞減少。 對發生不良反應者， 應定期檢測血細胞變化， 及時停藥或調整藥物劑量和療程， 並積極改善骨髓功能和對症治療。
4、生殖系統不良反應：雷公藤能對生殖系統造成嚴重影響， 尤其是年輕女性， 可嚴重損害生殖系統功能， 抑制雌激素和孕激素的分泌， 引起月經紊亂， 甚至閉經。 同時雷公藤可以使男性精子生成受阻， 影響精子發育， 導致不育， 故未生育的患者應慎用。
5、心血管不良反應：主要表現為心慌、胸悶、氣短、心律失常及心電圖改變。
