腰椎間盤突出症的椎間盤摘除手術， 是一種開展時間較長， 療效較為肯定的手術。 但即使如此， 手術過程中及術後， 還是可能出現一些併發症， 影響手術效果， 增加患者痛苦， 有時甚至導致患者因手術併發症死亡。 醫生和需要進行手術治療的腰椎間盤突出症的患者， 都應對此手術的常見併發症有一定瞭解。
感染 腰椎間盤摘除手術除可能併發手術切口感染外， 還可能令椎間隙感染。
神經損傷 手術中在硬膜外或砷膜內都有可能傷到神經根。
大血管損傷 最常見的是經後路手術時損傷腹後壁大的血管。
粘連與瘢痕 手術部位的神經根與椎板切除後硬脊膜的暴露部分常發生粘連與瘢痕， 會留有腰痛或神經根放射痛。
脊柱不穩 部分患者術後腿痛消失而腰痛持續存在， 拍腰椎功能性運動X線片時， 有明顯的脊柱異常活動。
其他臟器損傷 血管損傷時可能伴有其他臟器損傷， 如膀胱、輸尿管、小腸等， 需及時修補受損臟器， 以免發生腹膜炎。 當然， 只要有嚴格的無菌操作、精細準確的手術技巧和隨機應變的能力， 就能儘量避免併發症的產生。 對已發生的併發症， 應給予及時準確的處理， 以減輕其不良後果。
