強直性脊柱炎有時易與其他疾病相混淆， 給診斷造成困難， 延誤治療。 因此應瞭解與強直性脊柱炎進行鑒別的疾病：
1.骶髂關節結核：病人常有結核接觸史或患病史， 或同時患有肺或他處結核病。 絕大多數 （98%）為單側性， 而且女性病人較多。 X 線片關節一側骨質破壞較多， 常可見死骨。 關節破壞嚴重者可發生半脫位。 如有膿腫或竇道鑒別就更容易。
2.骶髂關節化膿性關節炎：也常見於女性病人， 因女性盆腔感染機會較多。 初起時局部疼痛較著， 發熱， 白細胞增多， 以後炎症可轉為慢性。 X 線片上早期關節間隙增寬，
3.緻密性髂骨炎：多見於青壯年女性， 產後發病者更多， 常為雙側性。 症狀多比較輕微， 血沉一般不快。 線片上髂骨一側明顯緻密， X 緻密帶上寬下窄， 略呈腎形， 其凹側面向關節。 關節間隙尚好， 腰椎活動正常。
4.脊柱結核：病人也常有結核病接觸史或患病史， 或同時患有肺或他處結核病。 脊柱活動受限僅見於受累局部， 駝背多呈角形。 X 線片上椎體及椎間盤破壞明顯， 常見死骨及膿腫陰影。
5.脊柱化膿性骨髓炎：發病多急驟， 體溫迅速升高， 白細胞增多， 局部疼痛明顯， 椎旁肌肉痙攣， 脊柱活動明顯受限。 身體其他部位常可查出化膿感染病灶。 X 線片可見椎體或椎間盤破壞，
6.脊柱增生性關節炎：本病多發生在40歲以後， 脊柱活動輕度受限， 駝背畸形不明顯。 好發於頸椎和腰椎。 X 線片骶髂關節正常， 或僅下緣有骨贅增生。 脊柱可見多數間隙狹窄及骨贅增生， 骨贅向橫的方向發展， 與纖維環的韌帶骨贅不同， 病人血沉不快。
