一般認為是由於肝臟外界環境中的各種有害因素和體內某些致癌物的長期作用， 使肝細胞發生過度增生， 導致正常結構遭受破壞而形成的一種惡性腫瘤。 根據國內外大量研究資料分析， 認為其發生的原因主要有以下幾種：
病毒性肝炎：主要是乙型與丙型肝炎病毒感染， 尤其是乙肝與乙肝病毒攜帶者。
黃麴黴毒素：黃麴黴毒素為最重要的致癌物質， 長期食用含此毒素的食物可誘發肝癌。
水源污染：飲用水質的嚴重污染， 是肝癌發生的重要誘因之一。
化學致癌物質：能引起肝癌的化學物質以亞硝基化合物為主，
其他因素：營養過剩
免疫狀態：有人認為肝癌患者血漿中含有一種封閉因數， 能抑制細胞免疫並保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。 現已證明， 甲胎蛋白就飽抑制淋巴細胞和巨噬細胞的吞噬作用。
基因突變：近年來， 還有人認為， 環境中的突變原和病毒作用激發肝細胞分裂反應途徑的活化， 引起細胞的點突變和基因易位， 是細胞增殖的可能因素。
此外， 肝癌的發生還與非血紅蛋白的核蛋白對細胞週期的調控失常， 以及細胞內外因素如激素、多肽、生長因數及多胺等有關。
因此， 肝癌是在環境和遺傳多種因素的作用下， 多基因的突變和異常累積而引發的，
