一、含有毒害作用的肥料 主要是農作物生產中使用最多的尿素。 尿素在農作物生產過程中， 常生成少量的縮二脲， 該物質的含量超過2％， 對種子和幼苗就會產生毒害。 另外， 含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中， 使蛋白質變形， 影響種子的發芽。
二、含有害離子的肥料 一類是氯化鉀、氯化銨。 此類化肥含有氯離子， 施入後會產生水溶性的氯化物， 對種子發芽和幼苗的生長不利。 另一個類是硝酸銨、硝酸鉀。 因含有硝酸根離子， 對種子發芽影響很大。
三、含有腐蝕作用的肥料 如碳酸氫銨和過磷酸鈣。
