為了保持品種的本性， 要經常進行選種。 選種有兩種方法， 即株選和片選。 株選就是選擇植株生長健壯， 無病蟲害， 不開花， 具有本品種特徵的植株作為種株。 主要目的是保持其種性， 株選要細心根據本品種株型特徵選定植株。 第二年將選定植株的球莖進行擴大繁殖， 到第三年即可作為大田用種。 片選就是在留種田生長期間， 淘汰劣株， 主要目的是為了第二年就有大田用良種， 方法是選生長較整齊一致的大田， 進行去雜、去劣， 混合採收作第二年大田用種。 株選或片選的慈姑採收後， 還要選擇一次，
慈姑作種的球莖播前有3種處理方法：一是以整個球莖作種的， 即以完整的球莖播種、育苗， 這種方法好處是球莖能在發芽、生根和生長初期， 提供所需營養， 但不經濟。 二是切除球莖2/3， 留1/3球莖在頂芽上， 這種方法， 既可將切下的2/3球莖作為蔬菜食用， 又可使幼根、幼芽在發生和生長前期有一定養分供給， 要注意的是， 必須將切口處洗乾淨， 以免病菌侵入。 三是用刀直接在芽的基部將頂芽挖下， 作為種子育苗， 整個球莖全供食用， 這種方法， 大大地節約了用種量， 要注意的是在挖下頂芽時， 仍要稍帶點球莖， 這樣可以避免使頂芽基部生根和出葉節受到損傷。
貯存慈姑種分為種球和頂芽兩種。 頂芽留種貯存， 切取時要帶球莖組織， 不要光切芽， 切好排成薄層在陽光下略曬1～2小時， 曬乾表面水分後貯藏。 100千克種球可切取頂芽12～15千克。 種球貯存要帶泥， 不用洗淨。
