五味子種子具有休眠特性， 種皮堅硬光滑， 皮下具油層不易透水、透氣；自然成熟的種子， 種胚細小， 具後熟特性。 去果肉的種子壽命較短， 一般室溫幹貯2個月， 種子活力降低， 通常野生種子的癟粒率極高， 成熟種子顏色常見有兩種， 一種顏色較深， 呈暗紅色；成熟度較高， 但發芽較慢；另一種呈桔紅色， 發芽較容易。
北五味子一般7月下旬果實進入著色期， 果實中糖色素隨果實成熟而增加， 後期則呈遞減趨勢， 果皮薄， 不耐積壓， 果粒易脫落， 所以8月末至9月中旬為果實最佳採收期， 此時的果實中各種成份趨於穩定。
採收後的種子及時用擠籽機進行果肉及種子分離；擠出的果汁是良好的五味子飲料和五味子酒的原材料；種子經機械分離後用清水洗淨， 漂除癟粒， 放陰涼處晾乾， 最好控水1―2天后， 用消毒的河沙按1：3比例混沙處理；晾乾的種子一般12月中下旬浸種， 然後混沙， 溫度控制在0°―5℃之間。
北方種子越冬有窖藏， 箱藏、凍藏等多種方式， 種子低溫層積處理時間為80―90天左右。
五味子種子育種前期注意種子的安全貯藏， 防止高溫水分過大， 注意貯藏間的通風：中期要及時對種子進行低溫或層積處理， 北五味子種子為深休眠型， 並易喪失發芽能力， 其休眠的主要原因是胚未分化完全， 形態發育不成熟， 需要在貯藏過程中8℃―15℃條件下貯藏完成，
