合理應用抗病毒藥物可避免和減少耐藥HBV株的出現， 乙肝患者在進行治療過程中應考慮影響因素、制定個體化治療方案、治療過程中注意潛在的交叉耐藥、監測耐藥HBV、聯合抗病毒治療預防耐多藥HBV產生。
1、考慮影響因素——乙肝患者在開始抗病毒治療前仔細地考慮宿主、環境和病毒等因素， 以免這些因素對慢性HBV感染的自然史產生高度影響。
2、制定個體化治療方案——抗病毒藥物的個體化治療方案應當結合藥物的有效性、安全性、疾病的嚴重性、先前的治療史， 尤其要注意耐藥的發生率、危險因素、耐藥HBV的表現。
3、治療過程中注意潛在的交叉耐藥——乙肝患者開始抗病毒補救治療或聯合療法時注意現有的口服抗病毒藥物之間潛在的交叉耐藥。
4、監測耐藥HBV——監測耐藥HBV有助於減少耐藥HBV的發生率和後遺症， 在出現病毒或生化突破之前檢測到耐藥HBV亞種， 應及時採用合適的補救治療。
5、聯合抗病毒治療預防耐多藥HBV產生——對慢性乙型肝炎採用單藥、序貫抗病毒治療可能會導致耐多藥HBV的增加， 可考慮慢性HBV感染的聯合抗病毒治療方案。
