系統性紅斑狼瘡患者關節受累最常見, 關節痛和關節炎是最常見的首發症狀, 可伴有關節紅腫, 但很少發生畸形。 關節損害多累及近端指間關節、膝關節、腕關節和掌指關節, 其次是踝關節、肘關節、肩關節, 偶爾可累及髖關節, 呈發作性, 可伴有晨僵, 容易誤診為類風濕關節炎。 合併關節損害的患者多有骨質疏鬆表現, 但關節軟骨和骨損害較少見。 合併關節積液時, 積液量通常較少, 其外觀清亮, 蛋白含量、細胞計數及補體水平均較低, 可與類風濕關節炎相鑒別。
系統性紅斑狼瘡患者缺血性骨壞死的發生率為5%~10%,
近七成的系統性紅斑狼瘡患者患病過程中會出現肌痛、肌無力和肌壓痛等肌炎的臨床表現, 但僅有5%~10%的患者發展為炎症性肌病。 肌炎的發病與長期使用糖皮質激素、氯喹、羥氯喹等治療藥物有關。