急、慢性扁桃體炎都可以引起多種併發症。 局部併發症有急性中耳炎、鼻炎、鼻竇炎、咽炎、頸淋巴結炎、扁桃體周圍膿腫等。 全身併發症常見的有風濕病、急性腎小球腎炎、敗血症、關節炎、皮膚疾患（如銀屑病）、心肌炎、支氣管哮喘等。
扁桃體炎引起全身疾病的機理目前尚不完全明瞭。 感染學說認為是溶血性鏈球菌及其毒素間斷地進入血流或淋巴， 導致遠隔部位的疾病。 近年來由風濕病患者的咽部、血液和心瓣膜上分離出Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型腺病毒， 並認為鏈球菌的透明質酸酶能增加咽部組織的通透性， 使病毒易於侵入人體而致病。
變態反應學說認為小窩內的細菌及其毒素、代謝產物或病毒等， 進入體液後， 可引起抗體形成， 通過抗原抗體結合， 產生複合物而導致其他部位的病變。 感染變態反應學說認為上述兩種過程同時存在， 共同起作用。 此外， 尚有其？說法， 但各種學說都缺乏足夠的證據。
扁桃體炎一般是指齶扁桃體的非特異性炎症， 可分為急性扁桃體炎、慢性扁桃體炎。 急性扁桃體炎大多在機體抵抗力降低時感染細菌或病毒所致， 起病急， 以咽痛為主要症狀， 伴有畏寒、發熱、頭痛等症狀， 是兒童和育少年的常見病。 慢性扁桃體炎是由於急性扁桃體炎反復發作所致， 表現為咽部乾燥， 有堵塞感， 分泌物粘， 不易咳出， 口臭， 其反復發作可誘發其他疾病，
患者平時要鍛煉身體， 增強體質， 注意口腔衛生， 及時治療附近組織的疾病， 飲食宜清淡， 不吃辛辣刺激性食物， 戒除煙酒， 一旦本病成為誘發其他疾病的病灶， 或有其他手術指征時則應考慮手術治療。
