肛瘺初期流膿較多, 色黃而稠, 糞臭味重。 久之, 膿液逐漸減少, 時有時無, 稀淡如水, 如果過於疲勞, 則膿液增多, 可有糞便流出。 有時瘺管外口可暫時封閉, 但不久病人又會出現發燒、局部腫痛, 封閉的外口可再度穿破, 待膿液流出後症狀才逐漸消失。
但是, 隨著肛瘺病情的加重, 患者久而久之還會出現一些其它症狀甚至是全身症狀, 主要有:
1、瘙癢
由於膿液不斷刺激肛周皮膚, 常感覺瘙癢, 肛周潮濕不適, 皮膚變色、表皮脫落, 纖維組織增生和增厚, 有時形成濕疹。
2、排便不暢
複雜性肛瘺瘺口長期不愈, 可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索,
3、全身症狀
在急性炎症期和複雜性肛瘺反復發作時, 可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗症狀。