在小三陽患者中， 確實有很多人病情很穩定， 傳染性很小， 肝臟功能也沒有問題。 但也有很多患者血液中丙氨酸轉氨酶異常升高， 顯示肝臟功能受到損傷。 而且， 這些病人身上的病毒還在繼續複製、繁殖， 肝炎也會持續惡化， 不進行治療而病情自己緩解的病人也很少見， 而且往往迅速造成嚴重肝臟損害。
惡性小三陽的特點是：病毒不停地繁殖， 或斷斷續續繁殖但不會長期停止、嚴重的肝臟壞死性炎症和進行性纖維化， 很多患者發展成肝硬化以及肝癌， 研究顯示， 大約有40%的病人都有肝硬化出現。
令人擔心的是， 這種肝炎病人為數不少。 不但在全世界都有， 而且比以往人們認為的更加常見。 在地中海地區和東南亞地區， 50-80%的慢性乙肝肝炎病人便屬這類型， 即e抗原陰性慢性乙肝肝炎。
香港的研究也發現所謂小三陽病者中17%有慢性乙肝;他們血裡的病毒數量和大三陽病人沒有什麼差別。 即使是丙氨酸轉氨酶水準正常的病人， 也大約有10%還是會有間歇性的乙肝病毒複製及肝功能異常， 說明他們也不可掉以輕心。
是什麼原因導致了惡性小三陽呢？大多數情況下是由於乙肝病毒基因突變， 抑制了e抗原的合成， 所以我們查不到e抗原， 但病毒卻是很厲害的。 大部分e抗原陰性、e抗體陽性和乙肝病毒DNA陽性的乙肝病人體內都存在有乙肝病毒的核前或核突變種（核部分有e抗原的密碼）。
