難治性支原體肺炎患者病情進展迅速， 常伴有全身炎症反應及肺外併發症， 經抗支原體治療後仍然無法控制體溫， 嚴重者甚至出現壞死性肺炎及胸腔積液。 目前認為， 難治性支原體肺炎的發病原因主要有以下幾種：
1、直接損害和免疫：肺炎支原體可產生細胞毒素， 感染後機體產生強烈的免疫應答反應， IgM抗體滴度持續升高， 短期內迅速出現通氣/換氣障礙， 呼吸衰竭及全身炎症反應綜合征等。
2、黏液-纖毛系統損害：難治性支原體肺炎患兒腺體增生， 形成黏膜突起， 有黏液栓壅塞， 加之支原體感染可引起支氣管上皮細胞脫落，
3、耐藥性產生：支原體對紅黴素以及四環素的耐藥菌株的出現可能導致療效不佳， 但目前糖皮質激素可促使難治性支原體肺炎患兒體溫下降正常， 肺部炎症吸收。
4、混合感染：肺炎支原體感染的同時混合有細菌、病毒的感染或感染後可直接影響患兒的細胞免疫功能， 使機體的抗感染能力下降， 條件致病菌乘虛而入。
5、延誤診治：對支原體肺炎按一般抗感染治療療效欠佳時不能及時調整診斷及治療思路， 單純應用青黴素類、頭孢類或抗生素， 使病情延誤。
