小孩子的便秘大都屬於功能性便秘， 因此小兒便秘並不是什麼特殊疾病所導致， 更多是由於一些日常生活中的不良因素所致， 這些因素包括幾下幾個方面——
1. 進食量不足， 食物餘渣少而致大便量及次數減少;如長期進食不足導致營養不良， 則可使腹肌和腸道收縮力減弱而加重便秘。
2. 食物成分與大便性質關係密切， 食物中碳水化合物不足， 易使大便乾燥;碳水化合物中米粉、麵粉類食品較穀類食物易於便秘;小兒偏食， 喜食肉類而少吃或不吃蔬菜， 食物中纖維素太少， 也易發生便秘。
3. 生活不規律和缺乏按時大便的訓練，
4. 遭遇突然的精神刺激， 導致情緒差、焦慮或抑鬱會影響正常排便;環境和生活習慣的突然改變也可引起短時間的便秘。 具體影響因素包括家庭不和、父母離異、搬遷新居、轉學、面臨考試或升學等， 有學者稱之為精神性便秘。
5. 缺少體力活動， 或患慢性病如營養不良、佝僂病等， 因腸壁肌肉乏力、功能失常而發生便秘。 使用某些藥物， 如常用瀉劑、服用某些抗驚厥藥等可使腸蠕動減少而發生便秘。
6. 少數小兒的便秘可能與遺傳也有關係，
除了上述因素， 要注意的是， 少數小兒便秘也可能是由於其他病變或生理結構異常引起的， 例如， 肛門裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、甲狀腺功能低下等都可導致便秘。
