慢性腎盂腎炎如果長期治療不愈, 並且反復發作, 最後會導致為慢性腎功能衰竭, 即尿毒癥;反過來, 得了尿毒癥的病人, 如繼發腎感染, 又成為加劇尿毒癥的因素。
臨床上往往見到這樣的情況, 一旦腎感染得到控制, 尿毒癥症狀往往可減輕, 稱之為可逆因素。 尿毒癥合併腎感染, 治療上相當棘手, 原因是:尿毒癥病人, 腎臟血流量減少, 抗菌藥在腎組織內達到有效濃度所需的時間長, 故細菌易於產生耐藥性;尿毒癥併發腎感染的致病菌常常是在住院期間得病, 因而抗藥菌株多;在使用抗菌藥物時矛盾多,
四環素類藥會加重氮質血症, 呋喃口旦啶在腎功能衰竭時使用易引起神經炎等毒性症狀, 故在尿毒癥時不宜使用;尿毒癥病人因患者藥物排泄功能減退, 如果療程長, 易蓄積中毒。 有些人治癒心切, 長期不間斷地服藥, 這樣不但達不到目的, 而且導致耐藥性細菌的侵入, 甚至引起2種以上細菌混合感染, 反而給治療上帶來更大的困難。