中醫辨證理論， 認為治療巧克力囊腫從疏肝理氣、活血化瘀、軟堅散瘕、扶正固本入手， 全面調節內分泌使氣面血活， 活躍臟腑。 中醫認為巧克力囊腫者， 其臟腑虛弱， 氣血勞損， 七情太過， 風冷寒濕內侵， 經產血瘀阻滯， 致腎陽不振， 寒凝氣滯， 陰液散佈失司， 痰飲夾瘀， 或痰飲夾氣滯內留， 或痹而著， 陽氣日衰， 陰凝不化， 日益增大。 中醫治療巧克力囊腫的方法如下。
一、中藥貼劑治療
成分：附子、山甲、夏枯草、柴胡、南星、三棱、赤芍、桃仁、香附、白芥子、海藻、乳香、沒藥、肉桂、生薑、蔥白。
用法：加溫軟化， 小腹和後腰各貼一貼，
功能：消瘀散結、化瘀止痛、理氣疏肝。
主治：用於女性卵巢囊腫。
方解：方中三棱、赤芍、桃仁、香附可以疏肝理氣， 打通瘀滯;夏枯草、海藻、白芥子消痰軟堅、散結消腫， 其中白芥子與海藻配合還能消除黏膩之陰邪;附子、肉桂、南星祛寒驅濕邪， 溫經止痛;乳香、沒藥、山甲止痛化淤;山甲、生薑、蔥白則可引導藥性滲透穴竅腠理， 再由柴胡引諸藥入肝經， 直達病所。
二、中藥湯劑治療
成分：海藻12克， 白芥子10克， 三棱10克， 苡仁20克， 桃仁10克， 夏枯草20克， 南星6克， 赤芍12克。
用法：水煎服， 藥液為600毫升， 每服300毫升， 每日2次， 10天為1個療程， 1～2個療程B超1次， 如有療效， 服藥可直到腫瘤消失為止。 用藥3個療程， 腫瘤繼續增大者為無效， 可做CT檢查進一步明確診斷另做治療。
功能：理氣行滯、活血祛痰、化瘀散結、軟堅消腫。
主治：適用各種囊腫， 尤其對卵巢囊腫效果顯著， 對卵巢囊腫、畸胎瘤、肝腎等囊腫也有一定的療效。
方解：方中三棱、桃仁、赤芍理氣行滯、活血祛瘀， 海藻、夏枯草、白芥子能消痰軟堅、散結消腫， 南星、苡仁化濕祛痰， 白芥子與海藻配合能消除黏膩之陰邪， 以上諸藥配伍， 能使痰濕化， 氣血通， 囊腫消也。
