由於膿腫發生的位置不同, 臨床表現也不盡相同。 但一般的症狀是, 當發現肛門直腸周圍有一個小硬塊或腫塊, 繼則突然局部出現劇烈疼痛難忍、紅腫發熱、墜脹不適、坐臥不寧、裡急後重、大便秘結、排尿不暢, 有直腸刺激症狀。 並隨之出現如體溫升高、食欲不振、寒戰、神疲乏力等全身中毒症狀。 一般1 周左右即可形成膿腫, 在肛門周圍或直腸內指診可以觸到波動、柔軟的膿腔。 此時用注射器穿刺可抽出膿液。 如行切開排膿處理, 或自潰流膿後, 局部疼痛等症狀就會緩解或消失, 體溫下降, 全身情況改善。
結核性肛門直腸周圍膿腫的臨床表現常常是慢性發病, 膿腫經數周或數月才能形成、局部疼痛不劇烈, 伴有低熱, 破潰後流出的膿液呈清稀乳白色, 膿口凹陷, 常有多個流膿的外口, 經久不愈。 全身檢查可找到結核病灶, 膿液培養可發現結核桿菌。