灰指甲的病因主要是真菌感染, 因此在診斷時除了主要根據臨床表現, 還要進行病甲的真菌學檢查。 甲的真菌學檢查包括直接鏡檢和真菌培養, 直接鏡檢只能瞭解有無真菌存在, 培養可以確定真菌的菌種。 甲真菌學檢查的第一個環節是病甲標本的採集, 這一環節是相當關鍵的, 只有採集到甲真正受到損害的部位進行檢查, 才有可能明確診斷。
不同臨床類型灰指甲的標本採集部位和要求也不相同。 遠端甲下型損害在取標本時, 應先去除取標本部位一碰就掉下來的甲屑, 然後再用刀片或刮匙從病甲上刮下一些碎屑。
近端甲下型損害在獲取標本時, 應先除去表面無病變的甲, 然後用刀或甲鑽小心地獲得深部的病甲組織。 取標本時, 不要只局限在一個部位, 應多點取標本, 碾碎後行真菌學檢查。
在進行病甲真菌培養前, 病甲應先用醫用酒精進行擦洗, 除去甲表面的雜菌和汙物, 然後再刮取標本進行培養。