任何手術都可能受到某些因素的影響而產生各種各樣的併發症， 儘管併發症發生的概率很小， 但如果出現後要積極配合醫生的治療。 癲癇手術中可能出現的併發症主要包括：
傷口感染：是常見的手術併發症， 由於個體差異， 患者的抵抗力不一樣， 手術傷口感染的風險也不一樣。
麻醉的危險性：對麻醉藥物過敏、休克、急性心肌梗死或心律不齊、心臟衰竭、肺水腫、急性腦中風等。
術中術後出血：可能會併發硬膜外、硬膜下及腦出血。 另外即使術中止血非常仔細徹底， 原致癲癇區切除處仍可能併發術後出血。
腦水腫：腦組織由於術中長時間牽引或局部血流受到影響， 有時術中或術後會有腦水腫現象， 這種情況在以腫瘤為致癲癇原因的患者當中尤為明顯。 若是有腦水腫現象， 可給予降腦壓藥物控制， 嚴重時甚至需行緊急減壓手術。 然而一般如顳葉切除術， 術前即會投予預防腦水腫藥物， 術後因腦部切除後遺留空間很大， 不需要再次給予降腦壓藥物。
神經精神方面的併發症：包括腦神經麻痹、視野缺損、失語、遺忘、原有損害症狀的複現、精神疾病等。
植物人或死亡：上述併發症若無法有效控制並惡化， 有可能會進展為植物人狀態或死亡。
