慢性細菌性前列腺炎除藥物治療外, 少數情況下也可選擇手術治療。 慢性細菌性前列腺炎的手術治療的適應證是藥物治療不能治癒或不能完全控制的患者, 特別是前列腺結石患者。
全切
整個前列腺和精囊的切除能夠治癒這些患者, 但由於手術本身存在的各種不良反應限制了應用。
經尿道電切
前列腺結石多發生在前列腺外分泌腺的腺泡及管腔中, 可以孤立或散在分佈, 成年人前列腺結石的發病率很高, 這些結石一般比較小, 但成簇發生, 較多數量的大結石絕大多數發生在慢性細菌性前列腺炎患者身上。
經尿道大部分切
國外有報導稱採用經尿道切除大部分前列腺組織的“根治性”切除方法, 治療對規範抗生素治療一年以上無效的慢性前列腺炎患者取得了較好的療效。 具體方法是經尿道切除大部分前列腺組織直至外科膜。 術後併發症與其他前列腺電切者相似, 切除後進行6~8周的抗生素治療, 但報告者也強調此方法並不適用於大多數經抗生素治療無效的慢性細菌性前列腺炎患者。