藥物是治療甲亢的一種常用方法， 可以避免手術治療帶來的較大風險， 但用藥不當同樣會給患者帶來一些副作用， 應用時需特別注意以下幾點。
1、服藥期間如用藥不當可出現皮疹、發燒、關節痛、惡嘔、腹瀉、瘙癢等副反應， 如果症狀比較輕， 可以服用一些西藥， 如果症狀嚴重一定要去醫院就診， 在醫生的指導下用藥。
2、精神緊張的甲亢患者可適服鎮靜劑， 如安定、利眠寧。 輕症者若入睡時脈搏低於80次/分鐘， 可以不服藥物。
3、妊娠期治療甲亢的藥物， 目前一般選用丙基硫氧嘧啶（PTR）、他巴唑， 如藥物劑量恰當， 對母體、胎兒不致有害。
4、抗甲狀腺藥物可自由進行胎兒體內， 藥劑宜小， 若劑量過大， 早孕期可引起流產， 並影響胎兒甲狀腺及腦與骨的發育。 妊娠期甲亢患者忌用放射性同位素診斷、治療， 以防對胎兒的影響。
當出現原有症狀加重， 並有躁動不安、嗜睡、昏邊、高熱（39度以上）、心率每分鐘140次以上時， 應立即住院治療， 切不可耽誤時間。
