現代醫學理論認為， 胃酸和幽門螺桿菌感染是消化性潰瘍病的兩大致病因素。 由於幽門螺桿菌可深藏於腺體細胞內， 單用奧美拉唑或抗菌藥物治療效果都不理想， 且幽門螺桿菌的根除率不高， 奧美拉唑與克拉黴素、阿莫西林、甲硝唑、替硝唑、呋喃唑酮等抗菌藥聯合應用， 治療幽門螺桿菌感染性潰瘍能起到協同作用， 增加療效。
奧美拉唑造成胃內鹼性環境， 使四環素不易吸收， 氨苄西林和酮康唑吸收也減少， 血藥濃度下降。 奧美拉唑對洛美沙星和環丙沙星的藥效無顯著性影響。
奧美拉唑抑制強的松轉化為活性形式，
鐵劑的吸收依賴於胃酸的存在， 奧美拉唑抑酸作用影響鐵劑的吸收， 故奧美拉唑與鐵劑不宜合用。 必要時， 可適當增加鐵劑的劑量。
奧美拉唑抑制胃酸分泌， 不利致癌性亞硝酸鹽轉化為無毒物質。 聯用維生素C或維生素E， 可能限制亞硝酸化合物形成。 另外， 長期服用奧美拉唑可引起維生素B12的缺乏， 很可能是引起神經系統病變的原因之一。 且這種影響與奧美拉唑劑量有關， 劑量越大， 影響越大。
戒酒硫與奧美拉唑聯用時可出現神志錯亂、定向障礙、肌僵直和牙關緊閉等不良反應。
國外研究表明， 奧美拉唑可減慢抗癌藥甲氨蝶呤的排泄。 連續靜脈滴注垂體後葉素時， 口服奧美拉唑20毫克，
