目前對多囊腎無特殊治療方法， 但盡可能採取措施延緩腎功能的損害， 合併結石者依照尿路結石的處理原則進行治療。 較小結石可採取中西藥物保守治療並保證每日飲水2000ml左右， 較大結石處理較一般病例困難， 經皮腎鏡取石相對不易， ESWL可引起腎臟局部充血、水腫， 而且任何一種外科治療都會導致囊腫感染發生的可能， 應慎重對待。 開放手術分囊腫去頂減壓和取石二部分。 多囊腎並結石的處理未能解決多囊腎的本身問題， 該病重在預防， 即降低風險患者的出生率。
該病屬於中醫“淋症”範疇，
臨床常分為實證和虛實夾雜證兩種類型：
1．實證型。 症見尿中時夾砂石， 小便艱澀， 或排尿時突然中斷， 尿道窘迫疼痛， 少腹拘急， 或腰腹絞痛難忍， 尿中帶血， 舌紅、苔薄黃， 脈弦或帶數。 治宜清熱利濕， 通淋排石， 涼血止血。
2．虛實夾雜型。 症見病久砂石不去， 可伴見神疲乏力， 精神萎頓， 面白少華， 舌淡紅有齒痕， 脈細弱無力， 或伴腰腹隱隱作痛， 腰膝酸軟， 手足心熱， 潮熱， 盜汗， 神疲乏力， 舌紅少苔， 脈象細數。 治宜利尿排石通淋， 或兼補益氣血， 或兼滋養陰液。 若石淋日久不愈， 也可轉變為“勞淋”（小便淋瀝不已， 遇勞則發），
尚須注意以下幾點：
把握中藥排石療法的適應症 運用排石療法的條件是：
（1）結石直徑小於1.0釐米， 形狀規則， 表面光滑， 並且與腎盂腎盞無黏連而游離於腔內者
（2）泌尿道無明顯畸形、狹窄和感染
（3）無嚴重腎積水， 腎功能尚好者
（4）青壯年體質好， 能配合大量飲水及參加有利排石的體育活動。 只有充分瞭解用排石藥的條件， 患者才能對多種治療手段作出最佳的自我選擇。
服排石藥應注意多飲水、勤活動 服藥期間應大量飲水， 每日2000～3000毫升， 盡可能使尿量達到每日2000毫升以上。 這樣可稀釋尿液， 減少尿鹽沉澱， 有利於結石排出。 要鼓勵自己多跳、多跑， 常做體操， 促使結石移動、下降， 以利自行排出。
治療期間不可忽視飲食宜忌 尿結石病人的飲食原則傾向於低動物蛋白、高維生素的素食。 對結石合併痛風者應限制肉類， 忌食動物內臟， 每日蛋白質攝入量以不超過90克為宜；少食菠菜、香菇、菜花， 多進食水果。 尿液的鹼化在尿酸結石的預防和治療中有重要意義， 宜選食鹼性蔬菜和水果， 使尿液PH值保持在6.2～6.5的範圍內。
高鈣尿性結石用低鈣食物作為預防和治療方法， 可減少發病和防止復發。 有報導， 每日服用10～24克脫脂米糠， 連服4周～2個月， 並把鈣攝入量限制在每天700毫克以內， 可利用米糠中含植酸的磷酸鹽與鈣相結合， 使鈣的攝入減少。
草酸結石發病率占尿石症中的絕大多數， 要求限制攝入高草酸、高乙醇酸及高鈣食物。
本病結石直徑≥8mm時， 中西醫保守治療效果不佳。 直徑》10mm時， 建議作體外碎石和手術取石。 由於結石引起嚴重尿路梗阻， 腎積水長期不能解除， 影響腎功能時， 應儘快手術治療。 結石梗阻在尿道時， 疼痛劇烈， 無尿， 此時應作跳躍動作和大量飲水， 這有利於結石的排出。 本病的預防在於平時多喝水， 釋稀尿液， 促進細小結石排出體外。 此外， 少吃菠菜、海味， 及時治療泌尿系感染和先天性畸形， 對預防和治療本病都有益。
