目前臨床上應用很多藥物治療這種病, 如內美通、丹那唑、桂枝茯苓膠囊等藥物。 通過藥物作用讓病人暫時停經3~6個月, 卵巢內子宮內膜也不會出血, 這樣卵巢內的囊腫就可能縮小。 絕經期間, 痛經等症狀可以完全消失, 但是想讓卵巢內的巧克力囊腫完全消失不太可能, 停藥後仍有復發的可能。
手術是一個可以根治此病的方法。
囊腫比較大、藥物治療無效的病人, 應該考慮手術。 手術方式有微創腹腔鏡手術, 也可採取開腹。 對於45歲以上的病人,
但對於沒有生育過的病人, 手術時應盡可能保留卵巢功能, 將囊腫剝離,
不過有些女性因為病情, 萬一不得不將兩邊的卵巢都拿掉, 也不要過分擔心會因此失去女性第二性征而變得不像女人。 除了卵巢分泌雌激素外, 人體內其他組織也可以分泌少量的雌激素。 如果雌激素還不夠, 可以用雌激素替代療法補充。