導致血小板減少主要有三個原因， 包括藥物、免疫因素、骨髓性疾病。 其中， 藥物引起血小板減少是最普遍的病因。
一些藥物除了具有其自身的療效外， 還存在一些副作用。 常見的副作用就是抑制骨髓造血， 繼而可降低血細胞數量， 其中就包括血小板。 這些藥物有很多， 最常見的藥物就是抗感染類藥物， 大部分可殺滅病原微生物的藥物， 無論是針對細菌、病毒的還是針對真菌、寄生蟲的， 都有降低血小板的作用。 一些不知名的保健品及中藥也可能降低血小板。 由於人體個人體質不盡相同， 對於藥物的反應也不同，
人體自身免疫系統失調也可導致血小板減少。 如人體患感染性疾病時， 身體會產生大量的抗體去抵抗病菌， 這些抗體可能會攻擊血小板， 而造成血小板減少。 肝硬化患者導致的脾功能亢進會加強脾臟吞噬血小板的功能， 脾臟不但將異常的血小板吞噬， 甚至會大量吞噬正常的血小板。 還有一些自身免疫性疾病的患者， 因為異常抗體的產生而降低血小板數量。
骨髓性疾病， 包括白血病、惡性淋巴瘤的患者。 由於骨髓收到了嚴重的破壞， 不能大量製造血小板， 會導致血小板數量急劇下降。
