中藥引起不良反應的原因主要有：
品種混亂。
中藥的同名異物現象嚴重， 加之不同地區用藥習慣不同， 容易造成不良反應。 某醫院在配置中藥製劑時， 錯把廣豆根當作北豆根入藥， 造成眾多患者中毒。 自1993年比利時報導“中草藥腎病”以來， 國內醫藥界對中草藥引起的腎臟損害已有所重視。 實驗檢測證明， 比利時的減肥製劑中的防己是漢防己和有毒的廣防己的混合物， 廣防己中含有馬兜鈴酸， 是引起腎臟中毒的禍首。
炮製不當。
中藥炮製得當可以增強療效， 減低毒性， 炮製不當則易引起中毒。 以朱砂為例，
長時間連續用藥。
很多中藥服用時間過久， 容易出現依賴性和蓄積中毒。 如服用朱砂安神丸可以降血壓、安神， 但服用過久， 可以造成慢性汞蓄積中毒。 安宮牛黃丸、紫雪丹、至寶丹等中成藥也含有朱砂， 不宜長期服用。
煎煮不當。
含有毒性的中藥如烏頭， 煎煮時強調久煎， 而有些中藥如山豆根， 煎煮時間越長， 毒性越顯著增加。
配伍禁忌與相互作用。
許多中藥是不能混用的， 否則會產生毒性或嚴重的不良反應。 中藥“十八反、十九畏”的配伍禁忌是有道理的，
另外， 一些中藥服用時也有飲食上的配合禁忌， 如地黃、何首烏忌蔥， 土茯苓、威靈仙忌茶， 鱉甲忌莧菜， 蜂蜜忌蔥等。
