重症肌無力是由乙醯膽鹼受體抗體介導、T淋巴細胞依賴所引起的神經-肌肉接頭觸突後膜上乙醯膽鹼興奮傳遞障礙的自身免疫疾病。 肉毒桿菌中毒也是由於突觸前神經終端乙醯膽鹼釋放降低所致， 肉毒桿菌芽胞產生的毒素可與神經末梢的膽鹼能神經小支不可逆地結合， 毒素處於乙醯膽鹼釋放部位， 鄰近的受體發生不可逆結合， 從而抑制神經傳導遞質-乙醯膽鹼的釋放， 使肌肉不能收縮， 導致眼肌、咽肌以及全身骨骼肌處於持續癱瘓狀態。 在吃受肉毒桿菌污染的食物後不久就發生，
如果病人有食物中毒的病史， 對本病鑒別有重要價值。 重複頻率神經刺激對鑒別肉毒中毒與重症肌無力有重要意義， 持續10秒的強直性RNS或行肌肉最大收縮， 誘發的複合肌肉動作電位波幅上升超過20%， 在肉毒中毒患者中可持續數分鐘， 而在重症肌無力僅能維持30秒左右。
特別提示：還有不少中毒性疾病可損害支配呼吸肌的神經、神經肌肉突觸部或直接累及肌肉致呼吸肌麻痹。 其他如有機磷中毒、氨基糖苷類與多肽類抗生素的使用， 長期應用青黴胺均可出現如重症肌無力的臨床症狀。 但這些疾病都有明確的病史，
