預防甲肝的最有效途徑是接種甲肝疫苗。 目前廣泛應用的甲肝疫苗主要有甲肝滅活疫苗和減毒活疫苗兩大類。 由於製備原理的不同， 兩者在有效性和安全性等方面存在差異。
滅活疫苗
滅活疫苗是先對甲肝病毒進行培養， 然後通過加熱或化學劑浸泡將其滅活。 滅活疫苗既可由整個病毒組成， 也可由它的裂解片段組成為裂解疫苗。 裂解疫苗的生產， 是將微生物進一步純化， 直至疫苗僅僅包含所需的抗原成分， 它既可以是蛋白質疫苗， 也可以是多糖疫苗。 結合疫苗是將多糖用化學方法與蛋白質連接而得到的疫苗，
滅活疫苗常需多次接種， 接種1劑不產生具有保護作用的免疫， 僅僅是“初始化”免疫系統。 必須接種第2劑或第3劑後才能產生保護性免疫。 接種滅活疫苗產生的抗體滴度隨著時間而下降， 因此需定期加強接種。
因為滅活疫苗安全穩定， 是世界衛生組織推薦使用的疫苗之一。
減毒活疫苗
減毒活疫苗是指病毒經過甲醛處理後， 毒性亞單位的結構改變， 毒性減弱， 但結合亞單位的活性保持不變的疫苗， 也就是保持了抗原性的一類疫苗。 將其接種到人體內， 不會引起疾病的發生， 但可以引發機體免疫反應， 刺激機體產生特異性的記憶B細胞和記憶T細胞， 起到長期或終生免疫保護的作用。
與滅活疫苗相比， 減毒活疫苗免疫力強、作用時間長且價格便宜， 但安全性是一個問題， 有可能因發生逆行突變而在人體內恢復毒力， 具有潛在的致病危險。 所以在注射疫苗時， 不要服用抗病毒藥物， 同時需要加強營養。
