肝硬化發生肝癌的機會比其他人高出100~200倍， 而甲胎蛋白是目前肝癌診斷中特異性最強、敏感性最高的一項血清學檢查方法。 在肝癌患者， 約有50%~80%的血清甲胎蛋白含量高達300μg/L以上， 是原發性肝癌的早期診斷指標之一。
肝硬化病人定期複查甲胎蛋白， 能夠協助早期發現肝癌， 以便及時治療。 甲胎蛋白的升降還可以用來判斷肝癌預後或手術及各種抗癌治療效果觀察的指標：確診肝癌後採取手術切除或各種治療措施， 甲胎蛋白大幅度下降說明治療有效， 若下降後再次升高， 則預示肝癌有復發、轉移跡象。
還有一些良性肝病如急性肝炎、慢性肝炎等， 在肝臟炎症活動時， 肝細胞處於損傷、修復和再生的過程， 甲胎蛋白會升高， 但濃度一般不太高， 多低於200μg/L， 且隨著肝炎的好轉， 甲胎蛋白亦隨之下降， 進而逐漸恢復正常。 甲胎蛋白是監測肝癌的良好指標， 尤其對小肝癌的早期診斷獲益非淺， 但臨床實踐是錯綜複雜、千變萬化的。 當然， 單憑甲胎蛋白增高， 就貿然作出肝癌的診斷也是不妥當的， 一定要結合病史、症狀， 及各項化驗和影像學資料綜合分析， 才能做出正確的診斷。
