先天性弓形體病需與巨細胞病毒感染、皰疹和風疹等其它感染所引起的腦病相鑒別。 曾發現巨細胞病毒感染和風疹與腦積水、小頭畸形和齧鈣化有關。 小頭畸形在巨細胞病毒感染比在弓形體病還多見。 其他先天性畸形在先天性弓形體病並不常見。 在弓形體腦病， 腦室腦脊液蛋白含量常高於巨細胞病毒感染者。 皰疹， 巨細咆病毒感染和風疹都可引起視網膜脈絡膜炎。 弓形體性視網膜脈絡膜炎需根據視網膜損害表現和免疫學檢查結果與上述病毒、結核病、梅毒、鉤端螺旋體病、布氏菌病、組織胞漿菌病和類肉瘤病等可引起的眼病相區別。
獲得性弓形體病有淋巴結腫大者需與傳染性單核細胞增多症、巨細胞病毒感染和淋巴瘤相鑒別；也需與結核病、布氏菌病、野兔熱、貓抓熱和一些全身性的病毒或立克次體感染相鑒別。 本病與傳染性單核細胞增多症的鑒別為本病的病程較後者為長， 在本病看不到很多異常淋巴細胞， 無嗜異性凝集抗體， 血清轉氨酶多正常或接近正常。 與淋巴瘤的鑒別為在本病多無明顯貧血， 無肺門淋巴結腫大， 淋巴結活檢看不到腫瘤細胞。
