心室間隔缺損的病理生理影響，
主要是由於左右心室相溝通，
引起血液分流，
以及由此產生的一系列繼發性變化。
分流量的多寡和分流方向取決於缺損口徑的大小和左右心室之間的壓力階差，
而後者又取決於右心室的順應性和肺循環阻力情況。
在肺循環阻力和體循環阻力正常的情況下，
左心室收縮期壓力明顯高於右心室，
二者約呈四與一之比。
室間隔缺損時，
每當心室收縮期，
血液通過缺損產生左至右分流。
嬰兒出生後頭幾周內，
由於肺小動脈仍保持某種程度的胚胎期狀態，
肺血管阻力仍較高，
因此左向右分流量較少，
此後分流量逐漸增多。
由於肺血流量增多，
肺靜脈和左心房的壓力亦隨之升高，
致使肺間質內的液體增多，
肺組織的順應性降低，
肺功能受損，
且易招致呼吸系感染。
因此，
分流量增多時，
特別在嬰幼兒時期，
會出現呼吸窘迫。
呼吸困難增加能量消耗，
加以體循環血流量相應減少，
因而影響全身發育。
心室水準的左向右分流，
使左、右心室負荷均增加。
起初，
隨著肺血流量的增多，
肺總阻力可作相應調節，
因而肺動脈壓力增高不明顯（肺血管床正常時，
肺血流量增加4倍，
仍可賴肺總阻力的自身調節而保持肺動脈壓力無明顯改變）。
繼之，
肺小動脈發生痙攣、收縮等反應性改變，
肺血管阻力隨之增加，
肺動脈壓力亦相應升高，
肺靜脈和左心房壓力反見下降，
肺間質水腫和肺組織順應性相應好轉，
呼吸功能和呼吸系感染等可隨之改善。
雖然有這種相對平衡和緩解階段，
但是肺小動脈卻逐步由痙攣等功能性改變，
向管壁中層肌肉肥厚、內膜增厚、管壁纖維化和管腔變細等器質性改變方面發展，
使肺動脈阻力日益增高，
產生嚴重的肺動脈高壓。
隨著上述病理生理演變，
左身中分流量由逐步減少發展成雙向分流，
以至最終形成右向左的反（逆）向分流，
後者使體循環動脈血氧含量降低，
出現口唇及指、趾端紫紺，
體力活動時尤甚，
即所謂艾森曼格（Eisenmenger）綜合征。
此時，
左心室負荷減輕，
而右心室負荷進一步加重。
上述病理生理演變過程的長短，
視缺損口徑的大小而異。
大口徑缺損可能在2～3歲時已出現嚴重的肺動脈高壓，
中等大缺損可能延至10歲左右，
而小口徑缺損上述發展較慢，
可能在成年後方出現，
偶見安然度過終生者。
據統計，
約20%的小口徑缺損可在幼兒期自行閉合。
流行病學調查表明，
嬰幼兒的的室間隔缺損患病率約為0.3%，
而據成年人屍檢資料，
室間隔缺損的發現率僅為0.03%，
可充分證明自行閉合這一事實。
室間隔缺損不經手術治療，
其平均壽命為25～30歲，
出現艾森曼格綜合征後，
生命期限明顯縮短。
