1.中毒性痢疾:發病更急, 一開始即有高熱, 抽搐發生較早, 有些患者有膿血大便, 如無大便, 可用生理鹽水灌腸後, 留糞便標本鏡檢, 可發現膿細胞。
2.結核性腦膜炎:患者起病前身體健康欠佳, 可能發現肺部結核病灶, 結核菌素試驗陽性, 腦脊液含糖量及氯化物降低, 蛋白含量高, 放置後可有薄膜形成, 有時塗片抗酸染色, 可檢出結核菌。
3.化膿性腦膜炎:患者身體其他部分可同時存在化膿病灶或出血點。 腦脊液混濁或膿性, 白細胞數多在2×109/L以上, 有大量膿細胞, 塗片或細菌培養檢查可發現致病菌。
4.流行性腮腺炎腦膜腦炎:多有接觸腮腺炎患者的病史,
5.腦型瘧疾:除中樞神經系統症狀和體征外, 多有不規則畏寒、發熱和出汗, 腦脊液無顯著變化, 肝脾多腫大, 血塗片可查見瘧原蟲。
6.其他病毒性腦炎:柯薩奇病毒(A9、B1-8)、埃可病毒(4、6、9)、淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒、單純皰疹病毒, 和其他病毒引起的散發性腦炎, 在臨床上很難與乙腦鑒別, 須依靠血清學檢查與病毒分離。