一般急性菌痢的預後良好;少數可變成慢性。 偶有嚴重併發症的老弱或幼嬰患者, 如有重症 休克 、 腹膜炎 、敗血症、 心肌炎 或 肺炎 時, 可發生死亡, 值得引起重視。
中毒 型菌痢的預後與能否及時發現病情變化, 做到早診斷及正確處理有關。 應用654—2為主的綜合治療患者, 病死率已降至1%以下, 不留後遺症。 起病後有反復驚厥, 造成腦缺氧時間過長者, 可後遺智力障礙, 顱神經損傷, 如面神經麻痹, 還有 癲癇 者。
慢性菌痢的預後與患者年齡及一般情況有關, 特別是幼嬰 營養不良 者和老年體弱有加雜病者預後較差。