腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外， 還消耗體內儲存的營養物質， 損害某些機體組織。 這是因為在腹瀉過程中， 本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體， 但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。 如長期慢性腹瀉就會造成營養不良， 使患兒身體瘦弱， 抵抗力降低， 容易感染各種疾病。 這不僅影響嬰幼兒的正常生長發育， 還會引起併發症。
常見的併發症有：
營養不良及維生素缺乏症
腹瀉病程較長， 如禁食時間過久或長期熱量不足， 常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。
感染
常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。 各種感染可能成為腹瀉的病因， 但也有在腹瀉之後， 由於全身抵抗力降低而繼發感染。 遷延性腹瀉或原有營養不良病兒， 容易併發真菌感染， 如鵝口瘡、真菌性腸炎， 甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎
重型腹瀉可能出現黃疸， 常見於營養不良及重症敗血症病兒， 預後不良， 故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
其他
如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，
嬰幼兒腹瀉的預後與病兒的體質、病因、治療時機和治療方法有關。
（1）體質因素
體質衰弱（重症營養不良和佝僂病）的病兒， 由於機體代謝調節功能較差， 抵抗力低下， 容易發生各種併發症， 使腹瀉遷延不愈， 預後較差。 新生兒、早產兒病情易於迅速惡化， 預後也較差。
（2）病因
耐藥性致病性大腸桿菌或其他耐藥細菌感染預後較差， 繼發二重感染者如真菌、金黃色葡萄球菌感染等預後也差。
（3）治療時機
輕型腹瀉若未及時治療， 導致病情嚴重， 遷延日久， 預後較差。
（4）治療不當
未進行調整和適當限制飲食， 減少胃腸道負擔；未及時控制腸道內外感染以及糾正水與電解質紊亂和加強護理，
對於嬰幼兒腹瀉， 如果沒有及時治療， 會對寶寶的身體造成很大傷害， 所以父母們應該要及時發現寶寶腹瀉的各種症狀並及時治療。
