黃連素的通用名叫鹽酸小檗堿， 是從黃連、黃柏等小檗科植物中提煉出來的一種抗菌性生物鹼， 黃連素能對抗病原微生物， 對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用， 其中對痢疾桿菌作用最強， 常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病， 系治療腹瀉的有效藥物， 常作為居家旅行的常備藥物， 但人們卻沒有認識到黃連素是一種抗菌素， 對腹瀉不加區分地胡亂服用， 有害于健康， 在抗菌素濫用的今天， 重新認識黃連素、準確應用並嚴格管理使用是十分有必要的。
現代醫學研究發現：在人的腸道內共生著600餘種、100萬億的龐大菌群系統。 離開它們， 人類就不能健康地生存， 因為它們能合成供給人體自己所不能合成的各種必需維生素， 能合成供給人體腸黏膜再生和修復所必需的短鏈脂肪酸如丁酸， 特別重要的是這些腸道微生物還是構成腸淋巴免疫系統的重要成員， 而腸淋巴免疫占人體免疫功能系統的70%， 長期濫用黃連素將對上述系統造成不可估計的損失。
腹瀉的原因眾多， 總體可分感染性和非感染性腹瀉， 感染性腹瀉多呈急性腹瀉;非感染性腹瀉， 多呈慢性腹瀉。 黃連素只適用於感染性腹瀉。 胃腸感染表現可輕可重， 輕者僅腹痛、腹瀉， 重者會有噁心、嘔吐、發熱寒戰、食欲不振，
目前所認識的疾病如腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、過敏性疾病等， 都可以導致慢性腹瀉， 對這種非感染性的腹瀉， 黃連素不僅無用而且有害。 腸道健康的保衛者——腸道菌群將遭到破壞， 日久可導致腸道菌群失調， 特別是腸道產丁酸菌匱乏後， 將造成腸黏膜再生修復障礙、黏膜滲透性增加， 腸道的選擇性吸收功能將會降低或喪失， 從而使大量的病原菌或有害物質得以乘機進入， 進一步引發炎症和免疫功能紊亂， 輕者引發腹瀉、腸易激綜合征，
黃連素是化學合成藥物， 不是中成藥， 對於中醫辨證為脾胃虛寒型的腹瀉， 黃連苦寒， 反而易傷脾胃， 損害胃腸功能， 更易出現胃痛、噁心等消化系統症狀， 加重病情。
因此， 對於不明原因的腹瀉不能隨意服用黃連素， 最好能根據醫院糞便、血液檢查情況選用， 一般性腹瀉1-2次無其他伴隨症狀， 由飲食不節、水土不服等因素引起， 保持清淡飲食， 人體即可自行恢復， 但反復發作就要查明原因了。
