鹹鴨蛋雖然不易腐壞， 但一煮熟就不容易保存了。 貯存時要注意防止蛋內失水， 鹹鴨蛋一旦失水， 就會導致蛋白發黑， 咸度會增加。 對用不同的醃制方法加工的咸鴨蛋， 應採取不同的方法保存。
1.如果是夏天比較熱的時候， 可以放進冰箱冷藏室裡存放， 注意不要冷凍， 凍過的鴨蛋很不好吃。 一般放在冰箱冷藏室就行了。
2.如果在冬天比較冷時， 可以把熟鴨蛋放在乾燥通風的地方即可。 注意不要放在太陽暴曬處， 選擇陰涼的地方最好。 比如廚房儲藏櫃頂部， 樓梯下麵等等。
3.對於用鹽水醃制的鹹蛋， 煮熟前不宜長期浸泡在醃制罐裡，
4.如果是包泥醃制的咸蛋， 應保持泥皮濕潤， 可定期用濕布給鴨蛋保濕， 並置於陰涼處， 這樣能保證鴨蛋半年不壞。
5.可以把熟鴨蛋做真空處理， 能保證鴨蛋放比較長的時間。 這需要專門的儀器， 如果鴨蛋比較多可去附近加工廠做真空處理。
