在藥田中科學施用糞尿肥， 能提高藥材的抗病能力， 降低硝酸鹽含量， 改善藥材的品質。 但值得注意的是， 如果直接在藥材植株上澆施糞尿肥， 也會污染藥材， 產生病菌傳播。 因此， 施用糞尿肥要得法。
施用前的處理。 為了有效地殺滅糞尿肥中的寄生蟲卵和傳染性病菌， 必須在施用前進行無害化處理。 通常可採用高溫堆肥法和糞池密閉法。 也可採用毒物處理法， 即利用對寄生蟲及病菌有毒的物質處理糞尿肥， 如每100公斤糞肥中加福馬林200毫升， 封存1天或加50%敵百蟲片2克封存2天， 也可加尿素1公斤封存3天。
採用溝、穴施肥。 根據藥材植株大小、土壤濕潤狀況， 施用腐熟的糞尿肥時需要對水稀釋， 開溝或挖穴澆施， 覆蓋泥土， 防止肥料流失， 提高糞尿肥的利用率。 在藥材幼苗期追施糞尿肥， 濃度要稀， 用量要少， 避免燒壞幼苗。 此外， 人尿中含有較高的食鹽， 對忌氯藥材， 如姜科的黃姜、沙薑、砂仁等不宜施用， 以免影響產品品質。
忌用污水稀釋肥。 污水中含有大量病菌、蟲卵、毒物和重金屬離子， 容易誘發病蟲害， 造成土壤污染， 甚至影響後季作物。 因此， 不論是工業污水還是生活污水， 凡未經無害化處理， 都不能用作藥材地灌概及肥料對水。
