貯藏中藥材一定要與其他樹木、蔬菜、糧食和草種分開存放， 避免混雜。 在貯存前， 要徹底清除其雜草和泥土等雜質。 貯存房間要進行常規消毒， 嚴防藥種受到污染。
控制好水分。 含油類多的藥材種子水分要控制在8~9％， 一般種子水分應控制在12~13％， 因為水分過高種子容易黴變。
貯藏中藥材種子的環境最佳溫度應控制在10℃左右， 溫度過高， 種子呼吸旺盛， 將消耗自身貯藏的營養， 降低發芽率。
用磚木墊高， 在離地50釐米以上的地方貯藏中藥種子， 不可直接把中藥種子放在地面上， 以免受潮而影響發芽率。 貯藏室要注意通風換氣。
千萬不要用塑膠袋密封中藥材種子。 因為塑膠不透氣， 種子被迫進行無氧呼吸， 會產生酒精和有機酸等有毒物質 ， 失去發芽率。
不要把中藥材種子與農藥、化肥一齊存放， 不可受到煙氣薰蒸。
