淨選指中藥材在切制、炮炙或調配、製劑前， 均應選取規定的藥用部分， 除去非藥用部分、雜質及黴變品、蟲蛀品等， 使其達到藥用的淨度標準。
1.清除雜質的方法有四種：挑選、篩選、風選、水選等。
2.分離和清除非藥用部位：首先搞清要分離不同藥用部位的有——蓮子心（胚芽）清心火， 蓮子肉補脾澀精；麻黃根止汗， 麻黃草質莖發汗；如白扁豆分離種皮和種仁。 白首烏、苦楝根、雷公藤的外皮有毒副作用也應除去。 毛能刺激咽喉引起咳嗽， 故應除去以消除副作用。 去毛方法有鹿茸燎去毛茸；枇杷葉、石韋刷去毛；骨碎補、狗脊、馬錢子用砂炒法燙去毛；金櫻子挖淨毛和核；香附撞去毛。
3.其他加工應瞭解方法及適用藥物。
碾搗：如礦物藥自然銅、赭石、龍骨、陽起石， 動物甲殼龜甲、牡蠣、瓦楞子， 植物藥芥子、韭菜子、木鱉子等。 制絨：如麻黃制絨， 艾葉制絨。 拌衣：如朱砂拌茯神、茯苓、遠志， 以增強寧心安神作用。 青黛拌燈心草有清熱涼肝的作用。
