一、破損污染
1、容器破損分裝、滅菌、接種；運輸、培養過程中， 未輕拿、輕放造成機械破損。
2、鼓氣破損滅菌時急驟升溫、升壓或急驟降溫；排氣速度過快， 使袋鼓氣破損。
二、棉塞污染
1、棉塞污染試管口沾有培養基或瓶(袋)口不乾淨或培養基與棉塞相接觸。
2、棉塞受潮滅菌時疊放不當， 加水過多或滅菌灶砌制不合理或培養料濕度過高， 棉塞吸潮而污染。
三、接種污染
1、環境不潔淨,接種室太大， 不密封， 接種室環境不清潔， 消毒不嚴。
2、消毒不嚴格接種箱不密閉， 消毒不徹底或超淨台接種前未按要求提前開機， 接種工具及操作人員雙手未消毒或消毒不嚴。
3、無菌意識差未按無菌操作規範做， 要求不嚴格。
四、毋種帶菌
1、檢查不勤母種、原種培養過程中， 未定期檢查除雜， 雜菌被菌絲覆蓋而未被發現。
2、工作不嚴轉管或擴制母種隨拿隨用， 未作仔細檢查， 而誤用了已污染的菌種。
五、拌料污染
1、拌料不勻拌料時培養料未充分拌勻， 棉籽殼未充分預濕， 夾帶顆粒狀或水分不足， 造成部分偏幹， 形成滅菌死角。
2、原料帶菌拌料時使用了黴變、不新鮮原料， 造成原料本身帶有大量雜菌。
六、滅菌污染
1、滅菌不徹底常壓滅菌時間不足或濕度不夠；高壓滅菌未排除冷空氣造成假壓強或壓力錶失靈。
2、疊放過緊裝鍋時疊放過緊， 影響蒸汽穿透而產生死角。
3、漏氣嚴重由於滅菌鍋漏氣達不到所需要的溫度。
七、培養污染
1、環境潮濕培養室相對濕度過高,超過70%以上， 有利於雜菌滋生以及棉塞吸潮而造成污染。
2、棉塞過松棉塞做得過松， 空氣中雜菌乘虛而入。
3、場地齷齪培養室不乾淨， 空氣中雜菌密度大， 場地沒有經常進行殺菌消毒。
4、蟲鼠危害老鼠啃咬棉塞或菌袋， 並帶入雜菌。 或培養基內滋生蟎、穀盜等蟲害。
