手術是目前治療肛瘺的唯一手段， 手術的成敗直接關係到肛瘺的預後。 手術不理想則易使疾病復發， 創口久不癒合。
1.保護好肛門括約肌功能 在高位肛瘺的治療中， 內口位置高， 在肛管直腸環上方， 管道穿過括約肌深層和肛管直腸環， 直接切開瘺管易損傷肛門括約肌功能， 使肛門失禁。 所以對高位肛瘺的病人應採取掛線療法使肛管直腸環慢性切開， 起到保護肛門括約肌功能的作用。
2.確定內口 找准內口， 並處理好內口是徹底治癒肛瘺的重要條件。 內口沒找准， 處理不妥善， 容易引起肛瘺復發。
3.創口的護理 現在本人對肛瘺手術有條件的都採取一期縫合， 除了肛瘺的感染期， 腐敗組織很難清除乾淨外。 術後創口應嚴格按照外科護理常規每天換藥， 7-9天拆線;否則創口感染、延期癒合。
4.高位肛瘺掛線術後的緊線問題 緊線應根據創面的生長情況和橡皮筋的鬆緊度而定。 第一次緊線大約在術後一周以後， 每週緊一次， 大約緊2-4次就可使皮筋脫落。 瘺管深、掛線組織多， 皮筋鬆弛較慢， 創口生長緩慢， 則要相對延遲緊線時間， 緊線次數也增加;掛線組織少， 創口生長快， 皮筋易鬆弛， 則術後一周就可緊線， 一般緊個二次就會脫線。 緊線過勤過早， 而創口的生長緩慢， 則易引起肛管缺損、粘液遺漏的後遺證。
5.必須徹底清除管壁組織及壞死組織，
