卵巢巧克力囊腫病人， 由於經期時囊腫內出血較多， 囊腔內壓力增高， 囊壁可出現小的裂縫並有極少量血液滲漏， 但裂縫很快被漏出物引起的腹膜局部炎症反應和組織纖維化所閉合， 並導致卵巢與臨近的子宮和腸壁粘連， 往往也累及輸卵管， 所以輸卵管管腔可能通暢， 但管壁因扭曲而影響其蠕動， 盆腔內廣泛的粘連和輸卵管蠕動減弱， 以致影響卵子的排出和攝取， 可以出現不不孕。
另外， 現在的研究成果也提示：子宮內膜異位症病人可能與卵巢黃體功能不足和卵巢黃素化未破裂綜合征有關，
如何診治卵巢巧克力囊腫？
卵巢巧克力囊腫較小時， B超檢查可以確定卵巢囊腫的位置、大小和形狀， 但由於囊腫的回聲圖像並無特異性， 故不能單純根據B超檢查確診， 需進行腹腔鏡檢查， 並可對病灶部位取組織作病理學檢查進行確診。
如果卵巢巧克力囊腫小於6釐米， 腹腔鏡檢查同時可以作囊腫穿刺抽液， 儘量把巧克力樣液體抽吸乾淨， 並將盆腔內結節作電灼， 如果復發可再做手術。
目前， 隨著電視腹腔鏡檢查治療技術的不斷完善， 還可以在腹腔鏡檢查的同時， 進行卵巢巧克力囊腫剝出手術， 如有良好的技術可減少手術後的粘連， 又無腹壁上的手術疤痕， 所以說腹腔鏡是診診治卵巢巧克力囊腫的最佳辦法。
