臨床一般將前列腺特異性抗原作為前列腺癌的腫瘤標誌物應用， 它同時也是前列腺增生診斷過程中的常規檢查項目， 用以排除前列腺癌的可能， 但其實前列腺特異性抗原缺少疾病特異性， 除最被人們所瞭解的前列腺癌、前列腺增生能使其大幅升高外， 許多疾病均可導致其血清濃度改變。
前列腺炎
急、慢性前列腺炎均可導致血清前列腺特異性抗原濃度顯著升高， 其機制尚未清楚， 推測可能與炎症過程導致前列腺上皮細胞產生前列腺特異性抗原增多、細胞凋亡使前列腺特異性抗原釋放增多、保留前列腺特異性抗原于腺管系統的正常生理屏障被破壞及炎症導致血管通透性改變有關。
尿瀦留
前列腺增生本身可導致輕、中度的前列腺特異性抗原升高， 一般認為這是前列腺體積增大的結果， 前列腺切除術後前列腺特異性抗原水準與切除的前列腺標本的腫瘤有直接關係。 但也有一些研究文獻表明， 前列腺增生所致的急性尿瀦留也可導致前列腺特異性抗原水準的突然升高。 有報導稱急性尿瀦留時血清前列腺特異性抗原水準較尿瀦留緩解後高6倍。
