臨床上， 鼻咽癌與一些鼻咽部疾病症狀相似而易與混淆， 如鼻咽部增生性病變、鼻咽部淋巴肉瘤、鼻咽部結核等。 所以如果對疾病瞭解較少， 則容易將鼻咽癌與其他疾病混淆而延誤診斷及治療。
1、增生性病變
鼻咽部增生性病變可在鼻咽頂壁、頂後壁或頂側壁發現單個或多個結節， 隆起如小丘狀， 大小約0.5cm～1cm， 結節表面粘膜呈淡紅色， 光滑， 多是在鼻咽粘膜或腺樣體的基礎上發生。 但當結節表面的粘膜出現粗糙、糜爛、潰瘍或滲血， 需考慮癌變的可能， 應予活檢， 以明確診斷。
2、鼻咽部淋巴肉瘤
淋巴肉瘤好發于青年人， 原發腫瘤較大， 常有較重鼻塞及耳部症狀， 該病淋巴結轉移， 不單局限在頸部， 全身多處淋巴結均可受累， 顱神經的損傷不如鼻咽癌多見， 最後需要病理確診。
3、鼻咽部結核
鼻咽部結核患者的症狀除鼻阻、涕血外， 還有低熱， 盜汗、消瘦等症， 檢查見鼻部潰瘍、水腫、顏色較淡；分泌物塗片， 可找到抗酸桿菌， 可伴有頸淋巴結核；淋巴結腫大， 呈馬鈴狀， 粘連， 無壓痛。 此外， 患者多有結核病史， 可加以鑒別
4、咽粘膜炎症
表現為粘膜粗糙， 尤其是重度炎症時， 鼻咽粘膜濾泡增殖， 表面凹凸， 甚至可呈桑椹樣， 表面附有膿性分泌物， 常需與粘膜浸潤性癌相鑒別。
6、萎縮性鼻炎
鼻咽頂前黏膜有淺在性潰瘍，
