卵巢是子宮內膜異位症最常見的部位。 卵巢發生了子宮內膜種植後， 除卵巢表面及其皮層中可出現紫褐色斑點和小泡外， 在卵巢內的異位元組織中還可因為在月經期中， 反復出血而又不能排出， 從而形成單個或多個的囊腫， 即子宮內膜異位囊腫。 由於囊腫內含有暗褐色粘糊狀陳舊血， 酷似溶化的巧克力， 故一般都將其稱為“巧克力 囊腫”。
巧克力囊腫自小而大， 最大直徑可達25釐米。 受卵巢激素的影響， 囊腫中的異位元子宮內膜組織也發生週期性的出血， 如此反復， 囊腔內的壓力過高， 囊壁 可出現小裂隙並有微量的血液滲出，
巧克力囊腫的這種緻密粘連、可活動性差需與惡性卵巢腫瘤相區別。 巧克力囊腫患者常有月經量多、痛經、肛門墜脹等症狀， 病程長、病人的一般情況好， 婦科檢查 尤其是三合診時， 子宮骶骨韌帶及子宮直腸窩內可觸及痛性結節， 檢查時患者疼痛難忍;而卵巢癌患者的一般情況較差， 病程短， 子宮直腸窩也可觸及不規則結節， 但一般痛感不重， 當然， 兩者之間有時僅靠盆腔檢查確實不易區別，
需強調的是， 卵巢巧克力囊腫的巧克力樣囊內液一般都比較濃稠， 若是囊內液為較稀的巧克力樣液， 則要提高警惕， 這種情況往往是卵巢腫瘤出血或巧克力囊腫惡變的表現。 另外， 巧克力囊腫對壽命是沒有任何影響的， 只是非常容易復發， 所以一定要選擇好的治療方法。
